La pregunta que planteais no es de respuesta rápida ni sencilla y entra de lleno en uno de los principales debates actuales dentro de todas las Haciendas Públicas mundiales. Intentaré ser preciso y conciso aunque ya adelanto que no resultará fácil.

Todos los impuestos gravan en última instancia tres únicas manifestaciónes de capacidad contributiva: la obtención de una renta, la posesión de un patrimonio o la utilización de recursos a través del consumo. Las sociedades son creaciones jurídicas y cuando su actividad se somete a tributación (su beneficio, sus ventas) debe entenderse que lo que estamos haciendo en términos económicos es anticipar el pago que les correspondería afrontar a determinadas personas físicas (sus accionistas/propietarios, sus trabajadores, sus clientes, sus proveedores). La escasa tributación de las empresas multinacionales es un problema conocido y ampliamente debatido en el seno del G-20, en la OCDE y en el seno de la UE, y al que se está intentando dar solución. Para quien tenga especial interés en la materia le copio el link con el avance de los trabajos que ahora mismo impulsa la OCDE (http://BEPS Action Plan http://www.oecd.org/tax/beps.htm ). La solución tiene que ser internacional, al menos debería estar implementada al mismo tiempo y en las mismas condiciones en todos los países con economías desarrolladas; de no ser así, se produciría el traslado de la actividad de esas empresas a los países con menos tributación.

Lo que se debate es cómo (qué cantidad y en que país)  debería tributar el beneficio obtenido por esas empresas multinacionales. Pero es importante entender que ése impuesto (sobre el beneficio empresarial) es, en último término, una minoración del beneficio que esperan obtener quienes han invertido en la empresa (sus accionistas) y, por lo tanto, será el país de residencia de esos propietarios quien recibirá el ingreso. Para países importadores de capital (como España, donde las inversiones que recibimos del exterior históricamnte superan con creces las que hacemos fuera de nuestras fronteras) estas nuevas normas de fiscalidad internacional, que ya no tardarán, no supondrán ingresos adicionales significativos.

Una cuestión distinta son los impuestos sobre el consumo que esas mismas empresas deben de pagar "en nombre" de los clientes que compran sus productos o servicios. En este campo el problema se ha planteado con las prestaciones "on line" y acaba de recibir una respuesta legal clara en España dentro de una acuerdo para toda la UE. (http://www.agenciatributaria.es/AEAT.internet/Inicio_es_ES/La_Agencia_Tributaria/Campanas/One_Stop_Shop/_INFORMACION/Novedades/Servicios_de_telecomunicaciones__de_radiodifusion_o_television_y_electronicos_a_particulares__nuevas_reglas_de_localizacion.shtml).  Cómo era lógico, se pagará desde el 1 de enero de 2015 el IVA que corresponda al pais de residencia del comprador (que es quien económicamente soporta el impuesto, aunque lo ingrese en Hacienda la empresa) dándose así solución a algunas injusticias evidentes. Por ejemplo, hasta ahora un residente en España pagaba un IVA diferente en la compra de un libro electrónico en función de dónde estuviera residenciada la empresa vendedora.

Si dejamos de lado la actividad internacional de las empresas, lo que ocurrió en España en los últimos años del gobierno socialista es que las grandes empresas dejaron de tributar de forma efectiva. Debido a la crisis económica y a la normativa fiscal vigente hasta hace poco, grandes empresas en nuestro país no pagaban el impuesto sobre sociedades o lo hacían por cantidades muy reducidas. Cuando el PP llegó al Gobierno en 2011 los grandes grupos pagaban un tipo medio efectivo en el impuesto sobre sociedades de un 3,8% (el teórico nominal era ¡de un 30%!). A partir del año 2012, gracias a los cambios introducidos en las normas fiscales, el tipo medio que pagaron se elevó hasta el 5,3% y en 2013 el tipo medio se situó en el 9%. No se dispone aun de los datos de 2014 pero, con seguridad, habrá continuado la tendencia ascendente.

Una última cuestión para no alargar demasiado esta respuesta. En casi todo el mundo desarrollado las personas físicas pagan sus impuestos allí donde residen habitualmente, al margen de cual sea su nacionalidad. Los extranjeros residentes en España deben pagar aquí su IRPF por todas las rentas que hayan obtenido en cualquier lugar del mundo, del mismo modo que los españoles que viven fuera han de pagar allí sus impuestos. La norma general es sencilla: uno reside allí dónde pasa más de 183 días de un año natural. El problema surge cuando no se cumple ese requisito en ningún país, un caso frecuente en los deportistas de élite que participan en circuitos internacionales (coches, motos, tenis, golf, etc). Para estos casos también existen normas de localización - deben tributar donde se encuentre su "centro principal de intereses" -  pero en estos supuestos los problemas de prueba suelen ser muy complejos. 

Acabo ya. En democracia resulta fundamental que el sistema tributario sea de aplicación general a todos, sin privilegios ni discriminaciones y sin, por supuesto, fraudes ni evasiones. Hacer realidad ese objetivo es posible gracias al cumplimiento voluntario de sus obligaciones por parte de la inmensa mayoría de los contribuyentes, pero también gracias a la mejora técnica de las normas y a la persecución constante de los defraudadores.